আন্দোলনের সময় শিক্ষকেরা উপাচার্য সৈয়দ সামসুদ্দিন আহমেদের বিরুদ্ধে পদোন্নতিতে অনিয়ম, অর্থের অপচয়, বিধিবহির্ভূতভাবে রাজশাহীতে নিজ বাসায় পরিবারের সদস্যদের সার্বক্ষণিক ব্যবহারের জন্য বিশ্ববিদ্যালয়ের গাড়ি বরাদ্দ করা, প্রাধিকারভুক্ত না হয়েও অনেক কর্মকর্তাকে মাসিক লক্ষাধিক টাকা ব্যয়ে ভাড়া করা গাড়ি ব্যবহারের সুযোগ করে দেওয়াসহ নানা অভিযোগ করেন। অভিযোগের মধ্যে আরও আছে—বেশির ভাগ সময় তিনি ক্যাম্পাসে অনুপস্থিত থাকেন, অধিকাংশ জাতীয় দিবসে তিনি ক্যাম্পাসে থাকেন না, ক্যাম্পাসে উৎপাদিত ধান, মাছ ও সবজি নিজের বাড়িতে নিয়ে যান, বিশ্ববিদ্যালয়ের ওয়েবসাইটের উন্নয়নের নামে বিপুল অর্থ আত্মসাৎ করা।

এসব অভিযোগের তদন্ত ও উপাচার্যের অপসারণের দাবিতে শিক্ষকেরা অনির্দিষ্টকালের কর্মবিরতিতে গিয়ে সংবাদ সম্মেলন, প্রতীকী অবস্থান কর্মসূচি ও উপাচার্যের কুশপুত্তলিকা দাহ করেন। এতে বিশ্ববিদ্যালয়ের সব কার্যক্রম বন্ধ হয়ে যায়। তবে ১৯ নভেম্বর উপাচার্যের মেয়াদ শেষ হয় এবং তিনি ক্যাম্পাস ছেড়ে চলে যান।

বিশ্ববিদ্যালয়ের সমাজকর্ম বিভাগের চেয়ারম্যান মো.আল মামুন সরকার বলেন, ২ নভেম্বর থেকে ১০ দফা দাবি ও উপাচার্যের অপসারণের আন্দোলন শুরু হয়েছিল। আগামীকাল থেকে তাঁরা ক্লাস ও পরীক্ষা নেওয়া শুরু করবেন।

বিশ্ববিদ্যালয়ের প্রশাসনিক কার্যালয় সূত্রে জানা যায়, ২০১৮ সালের ১৯ নভেম্বর বিশ্ববিদ্যালয়ে চার বছরের জন্য উপাচার্য হিসেবে নিয়োগ পান সৈয়দ সামসুদ্দিন আহমেদ। গত শুক্রবার উপাচার্যের মেয়াদ শেষ হয়। তিনি চলে যান। এখনো নতুন উপাচার্য হিসেবে কাউকে নিয়োগ দেওয়া হয়নি।